１９４１年５月初，日军出动第十八、二十八师团各一部，以大包围的战术进攻惠州、博罗，企图歼灭中国守军独立第九旅。日军分兵三路包围惠州，一路经石龙沿东而上；一路由樟木头绕道斜出，经平潭、永湖、马安、三栋；另一路从博罗至岭头渡江，进占横沥，形成对惠州的重重包围。驻惠州的国民党第十二集团军的独九旅与日军接战。黄昏，日军退回铁路线。５月９日拂晓，日军调动陆空军进行反击，轰炸陈江一带防线，并用剪形战术，一路由惠樟公路前进，与独九旅六二六团展开拉锯战，另一路日军由东莞观澜圩迂回新圩、镇隆，向防军保十团所守之烂草鞋山及佛祖坳一带阵地攻击，因该团早已放弃阵地撤退，于是六二六团侧翼就暴露在日军火力之下，形势非常不利，遂撤至惠州城外佛子坳高地。由于日军再次组织进攻，独九旅不敢再战，撤离惠州。５月１１日，日军遂第二次侵占惠州城。　　

　　此次沦陷，惠州市民多事先逃避乡间，日军入城一无所获，遂到各乡搜劫，在藻瀛村屠杀居民及城中逃难者４００多人。日军在５月１０日撤退，当天拂晓，日军出动数百人，各携燃火工具分别在水东路、塘下、打石街（中山西）、万石路（中山南）的商店民房，以鸣炮为号，一齐放火焚烧商店民房。第一炮响后，顿时，各处火烟冲天。鸣第二炮，日军开始撤退，此时县、府两城已成火海，市区已成废墟，焚毁房屋达８０％。此外，西湖周围的名胜古迹，如栖掸寺、水褐寺、元妙观等，亦遭焚烧。　　

　　１９４１年１２月，日军侵占香港之后，获悉香港居民陆续向惠州一线转移，独九旅也重新集结于惠州、博罗一带。于是，日军策划第三次进犯惠州。１９４２年２月初，日军酒井部中川联队在数十架飞机的配合下，向惠州进犯。适逢国民党广东省政府主席李汉魂来惠阳前线视察，准备在惠州逗留一两天就到海、陆、丰去。３日晚上，李汉魂在惠州县城县立第一小学礼堂召集惠州地区党政军学各界人土开会。在李讲话时，一位上校团长匆忙向李汉魂报告；“倾接前方电话，敌军已抵达东岸，桥头发现敌踪。”接着该团长拿出地图指出敌军与惠州的距离，李汉魂听后继续讲了２０分钟的话即宣布散会，当时已是深夜１１点。离场前，四专署保安司令部主任参谋提高嗓子对大家说，各单位立即离开惠州，必须在明晨８点钟前越过平山镇。　　

　　２月４日，日军大队由东岸桥头转入惠州城西郊半径乡附近。布防在飞鹅岭及挂榜山的独九旅一个团，待日军进至半径乡牛峡坳的小路时，即开炮轰击，开枪扫射，日军联队长被击毙。日军老羞成怒，派飞机掩护大队日军进犯，日军登挂榜山，独九旅即退兵，日军遂进占惠州。　　

　　日军入城后，进行报复，奸淫掳掠，杀人放火，无恶不作。日军见中国人便屠杀，连白发老人、占卜算命盲人也不放过。“屠杀三日，尸骸遍地，血水满城；尸体最多者，在淡水码头晒布场，水门仔各处，计约千人之多，大多数被砍去头颅。”全城数千居民惨遭杀害。水门沙下、埔头、五眼桥、礼门义路及叶屋巷口、南津牛颈岭等地成了日军集体屠杀市民的场所。只埔头一处即惨杀１００余人；礼门义路及叶屋巷口杀１００余人；南津牛颈岭杀死３００多人：在五眼桥河边被活埋的有几十人；而用汽车运出郊外惨杀的不计其数，估算这次遭杀害的人数达３０００人，残酷的大屠杀达３天之久，日军始退出惠州。