法庭上，这些昔日张牙舞爪、涂炭各国人民的战争罪人自知罪孽深重，罪责难逃。但他们仍百般否认其罪恶并表现出三个特点：一是继续宣扬日本军国主义者的侵略理论。当被问及为什么要把自己的同胞投入战火与灾难时，几乎所有的被告人都站在荒诞的立场上，异口同声地阐释着一个邪恶的真理。他们说：“日本有８０００万人口，而领土狭小，缺乏一切物质资源，要求得生存和发展，只能向满洲、中国、朝鲜和东南亚扩展‘呼吸空间’。”东条英机按照这个逻辑恬不知耻地回答：如果不进行战争，“我们的民族将等待毁灭。与其坐守待毙，还不如铤而走险冲出包围，去寻找生存的手段”。充分表现了其强盗逻辑和战争狂人的罪恶本性。二是顽固地用抵赖的手法否认罪行，辩解自己“无罪”。他们先是百般否认日本政府和日军的侵略和犯罪事实；接着在证据和事实面前，虽然不得不承认他们的犯罪事实，但却装聋作哑，千方百计地推卸他们个人的责任。东条英机口气最硬：“对一切诉因，我声明无罪。”企图逃避法律和正义的制裁。三是美化他们发动的侵略战争。他们狡辩说：“满洲国”是根据民意成立的；“大东亚共荣圈”不是侵略，日本对外战争是“自卫自存”，是为了“解放东亚民族”等等，为其侵略政策和行动评功摆好。　　

　　因此，远东军事法庭对每一个战犯的审判都充满了斗争，经历了一场场艰苦、激烈的斗争，一场场正义与邪恶、智慧与阴谋的激烈较量。　　

　　为证实日本战犯的罪行，远东军事法庭的检察局传４１９名证人出庭作证，７７９名证人提出书面证词。最后，法庭认定４３３６件证据成立。正义终于战胜邪恶，法庭认定这些日本战犯的罪行，作恶多端的战犯终于受到应得的惩罚。　　

　　东京审判中，针对坂垣征四郎、土肥原贤二、松井石根和东条英机的审判，斗争最为激烈。　　

　　坂垣征四郎和土肥原贤二是侵略中国的“急先锋”。早在九一八事变之前，他们就把魔掌伸进了我国东北，他俩与日本其他军政要员合谋制造九一八事变。后来又在京宁沪等地制造了一系列分裂中国、祸害中国人民的阴谋活动，罪不容诛。但是，他们拒不认罪。国际检察局提请让原日本陆军中将、１９４２年退出现役的陆军省兵务局局长田中隆吉和伪满洲国皇帝溥仪出庭作证，指认他俩是日本发动九一八事变、策划成立伪满洲国的主谋。中国检察官倪徵燠根据日本外务省密档中的御前会议、内阁会议、五相（首相、陆相、海相、外相、藏相）会议等会议决议，关东军与陆军省的往来密电，关东军的动员令，已故日本政府元老的日记、《奉天特务机关报》等重要材料，反诘坂垣征四郎和土肥原贤二，揭露他们制造中村事件、九一八事件；挟持溥仪到长春，制造满洲国傀儡政权；策划华北自治，搞冀东傀儡政权；煽动内蒙独立；策划吴佩孚、唐绍仪合作，搞伪政府；组织特务组织，大搞阴谋暗杀活动等罪恶事实，驳斥了土肥原贤二、板垣征四郎及其证人、律师的辩解，使土肥原贤二、坂垣征四郎二人和为他们辩护的律师都无以对答，无法抵赖。　　

　　松井石根是指挥实施南京大屠杀的日军统帅，他竭力为自己辩护。他先是矢口否认南京大屠杀的暴行，说：“基南检察官所云对俘虏、一般人、妇女施以有组织且残忍之屠杀奸淫等，则纯系诬蔑。而超过军事上需要破坏房屋财产等指责亦全为谎言。”法庭请当时在南京大学医院工作的美籍医生罗伯特·威尔逊，在大屠杀中死里逃生的南京居民尚德义、伍长德、陈福宝等出庭作证；演示了美国牧师约翰·马基拍摄的日军施行暴行的影像资料；出示了德国驻南京大使馆发给德国外交部的秘密电报，该电报描述了日军在南京杀人如麻以及强奸、放火、抢劫的情状，并说：　　

　　“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个的日本皇军……它是一架正在开动的野兽机器。”　　

　　面对事实，松井石根使出了他的第二招——佯装不知。他说南京大屠杀，“十分遗憾，我是后来才听到这种过失的”。因为他当时在距南京１４０公里的苏州卧床养病。法庭出示了他在１９３７年１２月１７日骑着高头大马耀武扬威进入南京城的照片，照片上他面对日军官兵的列队欢呼，得意地挥动着戴着白手套的手。当时，由在南京的外国人士组建了国际安全区收容难民。国际安全区的负责人曾两次通过外交途径向日军当局就日军的暴行提出强烈抗议。检察官讯问松井石根：“国际委员会送交的日军暴行备忘录，你看到过吗？”松井石根回答：“见到过。”