清代，满人入关，定都京师，在其城市建制上，基本沿袭了旧制。但中南海作为皇帝的行宫和御苑，在原有的基础上进行了拓建，并成为清朝处理政事和从事娱乐活动的场所。　　

　　早在16世纪末、17世纪初，满族就已在我国东北边陲的长白山下逐渐强盛，并崛起于东北的大地之上。明万历四十四年，努尔哈赤称帝，建元天命，正式建立“大金”政权，与明统治者相对抗。崇德元年（公元1636年）努尔哈赤的儿子皇太极改国号为清。崇德八年（公元1636年）皇太极死，6岁的儿子福临即位，改年号为顺治。顺治元年（公元1644年）4月山海关大战后，辅佐福临的睿亲王多尔衮率清军随即进兵北京，并于公元1644年5月，在李自成率领的农民起义军放弃北京城向陕西撤退之后占领了北京。就在这一年的9月，由沈阳迁都北京。从此，北京继元、明之后，再一次成为我国统一的多民族国家的政治中心。　　

　　清初“定都京顺，宫邑维旧”。清朝统治者在定都北京之后，完全沿用了明朝的北京城。这是因为明清之际，北京城并没有遭到什么破坏。所以，就是在以后，连紫禁城内也只是对原有的建筑物作一些重修，或局部的、小范围的改建。　　

　　在清朝统治的200余年间，市政建树不在皇城宫阙，但西郊的皇家苑囿营作却超过前代。在改建修葺紫禁城的同时，集中全国主要财力、物力和天下能工巧匠，在京城西北郊营建皇家苑囿，形成北京乃至中国造园史上第三个高潮。　　

　　当然作为紫禁城近临的西苑三海，是不能不修缮拓建的。　　

　　康熙、雍正、乾隆几代皇帝，对中南海大加拓建，不仅在此游、节庆赏宴王公卿士，而且在勤政殿等处召见官员，处理国务，接见进京朝觐的外藩属国使臣，欢迎凯旋回朝的出征将领。此时中南海也变成了清王朝的政治中心。喜好作诗题字的乾隆皇帝说：“胜朝遗迹，百年承平，一亭一榭，各标胜概，逐景得句，无虑数十百首。”　　

　　清朝鼎盛时期，中南海里每年总要有几次隆重盛大的活动。顺治年间，每岁阴历七月十五建“盂兰盆会”，放荷花彩灯数千盏，满池光华庆升平，火树银花不夜天，为苑中一大盛事。康熙、乾隆时，向例在中秋节前两三天，集三旗大臣侍卫在紫光阁前校射。一到入冬湖水封冻时节，则命八旗禁旅在太液池上习冰嬉，练技艺，分棚掷彩球，互相追逐比试矫捷，并设旌门悬靶演习射箭，轮番阅射，按等行赏。到同治、光绪年间，专门组织“冰鞋处”，在中南海表演滑冰。　　

　　1861年11月1日，慈禧发动政变，开始垂帘听政，同时她不安于蛰居“红墙绿瓦黑阴沟”的紫禁城，十分向往昔日的园居生活，于是，便处心积虑地谋求重修西郊圆明园。　　

　　1873年11月27日，重修圆明园工程正式兴工，但因工程浩大，而又工款无着，材料奇缺，修建工程不得不于1874年9月9日停工。　　

　　1874年9月11日（同治十三年八月初一日），同治帝即颁诏停建圆明园工程的第三天，便发布上谕，命总管内务府大臣“查勘三海地方，量加修理，为朕恭奉两宫皇太后驻跸之所”。但时间不长，同治皇帝宾天，此议暂罢。　　

　　1885年（光绪十一年），年轻的光绪皇帝年满15岁，即将举行“大婚”，“亲政”，慈禧便授意光绪皇帝，以“颐养两宫”之名，降旨重修西苑三海。　　

　　重修西苑三海，是光绪年间京师最大土木工程之一，自始至终都由皇室最高皇权执行者醇亲王奕譞，以及庆郡王奕劻监督实施。不久，海军衙门成立，以醇亲王奕譞为总理海军衙门事务大臣，以庆郡王奕劻和直隶总督兼北洋通商大臣李鸿章会同办理。他们三人以“筹建海军”为名，把很大一部分精力用于重修西苑三海和西郊颐和园工程。整个工程的大部分费用则由海军衙门报销。李鸿章成了筹备工款的总经理。他采用调拨、报销修园银等手段，挪用了大笔海军经费。　　

　　在《李文忠全集、来往函件》中有这样的记载：　　

　　一、“三海工程，急需二十四万两，先由海署存款项下借拨”。　　

　　二、“三海工程，待款孔亟，先由海署息借洋款八十万两八”。　　

　　三、报效修园工程银计有：“文銛三十万两，崇礼三十万两，崇厚三十万两，文锡二十万两，海署一百万两，增调一百万两，奕譞、奕劻代表神机营陆军将佐共七十万两，李鸿章代表海军衙门全体海军将佐共七十万两”。　　

　　这三项记载，共筹集园工银554万两，涉及海军衙门的有374万两。　　

　　这次重修西苑三海，除维修油饰原有建筑外，展拓了中海地面和南海水域，新建了一些重要建筑物和洋务设施。如慈禧寝宫“仪銮殿”、“西苑电灯公所”。增建了180余间直房和70余处堆拨，历时4年，到1888年（光绪十四年）春工程渐次告竣，7月31日，慈禧太后首次驻跸中海“仪銮殿”。　　

　　在这次拓建三海时，在中海西岸的紫光阁前还修筑了一条小铁路直通北海的镜清斋。李鸿章进贡了火轮车6辆，都是从法国进口的，属于窄轨火车。其中有一节高级卧厢车，“陈设华美，制作精工”。李鸿章还特为这些经办的法国商人请赏，要分别赏给他们以一、二、三等宝星。这条铁路通过中南海北面的福华门和北海的阳泽门，由于两门之间为交通要道，这段铁轨是不固定的，使用时临时安装。据说慈禧太后乘坐火车，不准车头呜笛，所以，行驶时不用机车，而是在车上拴绒绳，由太监曳引，前面还有仪仗开路。　　

　　这条小铁路是我国最早的铁路之一。修筑铁路表面上看是供慈禧太后游乐之用的，实际上李鸿章是另有用意。他鉴于朝野中对修铁路的争议很大，有些人坚决反对修铁路，慈禧太后又犹豫不决，所以，便以火车进宫，修小铁路的办法，让慈禧太后和光绪帝亲眼看到火车，从而支持修铁路的主张。　　

　　在这重修西苑三海的第十二年，即1900年，八国联军攻占了北京，慈禧太后挟光绪帝落荒而逃，西苑三海变成了帝国主义侵略军的兵营，联军统帅瓦德西的司令部就设于慈禧寝宫“仪銮殿”。西苑三海遭受洗劫，破坏严重，仪銮殿被火焚。　　

　　1902年1月7日，慈禧、光绪结束流亡生活，回銮入京。是年，立即着手整修西苑三海。重点工程是在仪銮殿基址的东南方位，即春藕斋北面，建造慈禧太后的女宾招待处，费币500万，仿西洋建筑模式，建洋楼，命名“海晏堂”。辛亥革命后，更名“居仁堂”，随后，又在仪銮殿原址上，按中国传统宫殿式建造慈禧寝宫，命名“佛照楼”。后又更名为“怀仁堂”。　　

　　光绪年间重修西苑三海，增设了铁路、电灯公所、西式洋楼等设施，标志北京正酝酿由封建古都向现代化都市演进，是北京城市现代化的起点和界碑。