杜勒斯由于他在中情局出色的表现成为中情局的新任局长。他当然不会让任何人对中情局作出破坏和打击。他一上任就极力抵制麦卡锡主义对中情局的干预。当麦卡锡公开表示中情局内部隐匿了至少100个共产党员，并要求将他们挖出来时，艾伦·杜勒斯并没有被吓倒。他运用法律条款，强调有关中情局的人士档案是对外保密的，而且涉及到政府对外决策的重大问题也应该是保密的，这得到了总统艾森豪威尔的保护。这使得麦卡锡更加恼火，决心想尽一切办法寻找突破口打进中情局。由于总统的保护，麦卡锡于无法直接对艾伦·杜勒斯采取行动，因此便想通过打击中情局的重要官员来达到目的。这里面有一个小故事。有一天，麦卡锡指示手下给中情局的法律顾问沃尔特·福兹海默打电话，让他告知要求中情局情报处长助理威廉·P·邦迪一个半小时后到参议院常设调查小组委员会去。福兹海默找到情报处长，经过两人的商量认为，麦卡锡一定是想对邦迪进行迫害。麦卡锡分子们正是想利用邦迪在几年前的一件间谍案时为被告募捐这件事，借机打击邦迪以达到打击中情局的阴谋。邦迪当时正是中情局想要重点培养的对象。两人决定在麦卡锡的人找到邦迪之前立即通知局长艾伦·杜勒斯。可是由于杜勒斯正在白宫开会而无法联系，在情急之下，福兹海默想到一计来拖延时间，他马上给邦迪的妻子打电话：“夫人，我现在这边有一个十分紧急的事情需要你的智慧和冷静，它关乎到你先生的前途甚至生命。”邦迪的妻子吓了一跳，不过很快镇定下来。福兹海默接着说：“我是你丈夫的同事和好朋友福兹海默，有人现在想要用诬陷来对你的丈夫进行攻击，所以你必须保证他们的人在1个半小时之内无法找到邦迪，首先你要找到你的丈夫，然后想个什么办法……”　　

　　“然后假装我们去旅游了？”　　

　　“您太聪明了！对，就这么办。您马上准备好旅游所要准备的一切东西，和你先生到随便什么地方——像新英格兰或者什么地方——直到我们给你们电话才回来。”　　

　　打完电话后，福兹海默也让邦迪的同事以为他不在办公室。在安排妥当后，福兹海默才打电话给对方，说邦迪今天休假旅游去了。计划成功后，设法找到了局长杜勒斯，并详细报告情况。杜勒斯在听完汇报之后十分恼火：“他们简直就是一群疯狗，我绝不让他们的奸计得逞！”　　

　　此时，他决定把这件事向副总统尼克松汇报并寻求帮助。艾伦·杜勒斯立即驱车前往尼克松的住处，向他说明了情况。最后他愤怒地说：“他们一定是想借助整邦迪来捅中情局一刀。”尼克松听完后表示愿意在这件事上帮助中情局。随后，他找来麦卡锡，委婉地表明了他的态度：“约瑟夫，你知道吗？如果你还是要一直揪着邦迪的事情不放，你会失去很多的选票。”麦卡锡在听了之后并没有明确表态，但是后来邦迪终于从“休假中”回来并继续上班，表明了麦卡锡在邦迪的事情上暂时让步了。　　

　　但是，麦卡锡绝对不会就此放弃，他马上又挑出毛病向杜勒斯挑战。　　

　　再次挑战杜勒斯　　

　　这次，麦卡锡一伙借助的目标是一位名叫科德·迈耶的先生。迈耶是杜勒斯亲自选拔并十分欣赏的部下，他各方面素质都符合杜勒斯的要求，被认为将是未来中情局的重要角色。　　

　　1953年9月，麦卡锡通过胡佛的联邦调查局要求对迈耶进行调查。明眼人一看便知，这是针对杜勒斯和中情局的挑衅。　　

　　杜勒斯当然进行反对，并决定打赢这场战争。他告诉迈耶：“科德，你是我亲自招募的人才，只要你能严格按照自己的信仰办事，坚信美国的正义和个人自由并且为之奋斗，那么就让那些混蛋们的调查见鬼去吧！”　　

　　迈耶当即表示：“我决没有做过任何对中情局不利的事情，他们之所以对我指责是想要使我们的中情局蒙羞。我之所以来到中情局工作，全都是出于对您的佩服，您是我敬仰的对象和奋斗的目标，我会向您学习，不向他们屈服。”这此谈话后，联邦调查局多次找来要求审问迈耶，都被杜勒斯拒绝。同时中情局进行了内部调查, 证明迈耶的清白和抵制麦卡锡的诬陷。　　

　　就迈耶的事情中情局和联邦调查局，麦卡锡和杜勒斯之间的斗争从9月份一直持续到感恩节。中间反复的斗争十分激烈。谁也无法知道哪一方能够获胜，无法知道迈耶究竟是要被审问还是可以安心过节。　　

　　直到感恩节的那天，迈耶突然接到了杜勒斯的电话：“朋友，我有一件感恩节礼物要送给你，那就是FBI对你的秘密审查工作已经结束了，你被宣布是无罪的！”　　

　　迈耶听到之后欢呼起来：“太棒了！这真是我所收到的最好的礼物，谢天谢地！”　　

　　兴奋之余，迈耶没有忘了感谢他的局长：“谢谢你，艾伦，如果没有您的保护，我可能早就被投到监狱里去了，我要怎么感谢您呢？”　　

　　“加倍工作吧，为了我，为了我们的中情局！”杜勒斯丝毫不掩饰对得力下属的欣赏之情。这件事以后，迈耶被任命为计划处国际组织科科长。