作为美国最主要的两个情报机构，相似的工作性质、看似明确实则紧密相关的任务分工，部门利益的竞争，以及在具体意见上的分歧，都使中央情报局和联邦调查局天生就是竞争对手，这种矛盾几乎无法调和。双方一直保持着这种既合作又提防的关系，明争暗斗不见减少。在90年代后期的一次秘密行动中，中情局为了放长线钓大鱼，迟迟没有将一名外国间谍的活动通知联邦调查局，最后这个外国间谍有所察觉，自杀并毁掉了重要资料，线索被迫中断。联邦调查局为这个和中情局大吵了一场。　　

　　“9·11”事件发生以后，美国情报界的日子非常不好过，中央情报局和联邦调查局更是被国会和公众责难的焦点。双方都有失职之处：中央情报局未能在国外获得本·拉登策划这一活动的预警情报，联邦调查局则没能在国内发现和制止恐怖分子的准备活动。一种普遍的观点认为，美国各情报机构门户之见太深，互不合作、不通信息，是这个悲剧发生的重要原因。　　

　　中央情报局和联邦调查局曾一度就“9·11”事件相互责难，都说问题出在对方。这样的互相指责持续了一段时间后，双方都意识到对彼此都没有好处，于是决心加强相互间的情报合作与共享。联邦调查局局长罗伯特·米勒将这一点列入他的改革计划中，决定设立一个情报办公室，由中央情报局派员管理，并由中央情报局派出专家帮助联邦调查局收集和分析情报。中央情报局对这一点予以积极配合。　　

　　2004年10月，中央情报局和联邦调查局就“9·11”恐怖袭击预警的责任问题达成谅解，承诺今后不再相互指责对方有失职行为。他们达成谅解的第一个标志就是，双方合作逮捕了美籍“基地”组织成员穆加西尔，挫败了一起袭击阴谋。　　

　　然而，这两家之间长期的历史恩怨不是短时间内可以完全化解的，很快，在审讯俘虏的问题上，双方又发生了争执。　　

　　反恐战争开始以来，美军手里抓到了不少俘虏，其中不乏重要分子，如“基地”组织的重要头目本·沙伊赫·利比，阿布·祖拜达，穆罕默德·卡塔尼等。按照惯例，审讯俘虏是联邦调查局的传统地盘，但是随着反恐战争的紧迫开展，中央情报局得到授权，使用新的、更加严厉的审讯手段，撬开被俘恐怖嫌疑人的嘴巴。对于联邦调查局“只给胡萝卜不加大棒”的审讯策略，中情局认为太“纯洁”，并且收效太慢。二者由此开展了关于审讯权的“激烈争斗”。 双方互不相让。联邦调查局把问题捅到局长米勒那里，中央情报局找到该局负责反恐问题的负责人科弗·布莱克。布莱克打电话给局长乔治·特纳特，后者直接去了白宫。最后，这些重要分子被交给了中情局。　　

　　在关塔那摩基地，中情局严酷的审讯手段让联邦调查局大开眼界，只有“好奇地将鼻子贴在玻璃上观看”的份儿。殴打、饥饿、剥夺睡眠、感官刺激、水牢、还有一种“水板”刑罚：在被审讯者脸上盖一块湿布，并不断往湿布上滴水，这样受刑者会产生溺水的感觉。　　

　　中情局在执行命令之前没有忘记自我保护，但是，尽管司法部备忘录为他们的做法提供了法律依据，它还是遭到了来自各方面的压力。一直以执法部门自居的联邦调查局认为自己被边缘化了，并且不认同中情局的审讯手段；随着虐俘丑闻不断被揭露，军方也对中情局提出抗议。中央情报局局长乔治·特纳特终于不堪各种重荷，宣布辞职。　　

　　“9·11”事件之后，中央情报局和联邦调查局都加大了机构组织的改造力度，前者加重对人力情报的投入，后者扩大了权限，进行机构改革。不论发生什么变化，有一点可以肯定的是，这一对老对手之间既合作又争斗的关系还将继续持续下去。　　

　　合作不会终止，争斗更不会罢休。