1945年初，多诺万向罗斯福提交了一份秘密备忘录，建议在和平时期，建立一个统一的主管对外情报的机构，为避免与联邦调查局发生太大冲突，他在备忘录中特意注明：该机构在国内和国外都没有维护治安和执行法律的功能。不过这份备忘录还是走漏了风声，当时胡佛正在起草关于联邦调查局统一接管国外情报机构的计划，愤怒程度可想而知。同时，以他多年政场经验意识到，这回握住了对手的一大把柄。他决定好好利用。　　

　　胡佛派人搞到了秘密备忘录的内容，违背保密法的规定，将这一内容泄露给了媒体。很快，这一消息就被披露，各种批评一涌而上，罗斯福恰在这时去世，多诺万心余而力不足，战略情报局终于被杜鲁门宣布解散。　　

　　扳倒了老对手，胡佛很高兴，他继续策划在国外建立联邦调查局的秘密情报网络。不过，他没能高兴多久。1946年，杜鲁门改变主意，决定建立中央情报局，主管对外情报工作，联邦调查局的工作则限制在国内。胡佛想让总统改变主意，他推出了一大堆陆军将领和两院议员去白宫当说客，可是杜鲁门坚决不让步。他命令联邦调查局立刻关闭在国外的办事处，只允许在少数城市（伦敦、巴黎、罗马、渥太华和墨西哥城）继续设办事处，而且那里的特工人员只能处理国内案件中的涉外部分，不准进行收集外国情报的活动。　　

　　胡佛对这一命令大为恼火，但又不敢不执行。在关闭国外的办事处前，他特别指示，所有办事处无论如何不得把任何文件和情报交给中央情报局。那些办事处的人只好偷偷地把档案移交给中央情报局。　　

　　中央情报局成立以后，它和联邦调查局成为美国情报系统中两个并驾齐驱的最重要的机构。前者负责国外的情报活动，开展特别行动。后者负责国内的安全和反谍报活动。它们没有隶属关系。中情局是一个独立的机构，直接向总统负责；联邦调查局则归司法部管辖。其实联邦调查局拥有的实际权力还是很大的，因为它有直接的执法权，但是胡佛不这么看，他固执地认为中央情报局夺走了本该属于联邦调查局的东西。　　

　　尽管没有授权，胡佛还是指示手下在墨西哥城等办事处搞活动，收集情报。这种做法完全超出了政府对联邦调查局职责范围的规定，大量工作与中央情报局重复，并且很多情报错误百出。连联邦调查局自己的人都怀疑这些耗费人力和财力的事情还有没有存在的必要。但是胡佛坚持，其他人也无话可说。　　

　　刚建立的中央情报局向联邦调查局提出一些经正式批准的要求，例如交接文件，提供某些可疑分子在国内的活动情况等。胡佛总是采取拖的办法，能不管就不管，或者只满足一半，剩下的就置之不理了。这样当然会招来中央情报局的不满。这种事情发生了好几次后，中央情报局局长比德尔·史密斯将军生气了。他给胡佛写了一封措辞非常严厉的信，说道：“无论你胡佛先生是否喜欢我，这都同我们负责的两个政府机构之间的合作毫无关系。你有义务在你的权限范围内同中央情报局全面合作。”“如果你不这样做，如果你要在这个问题上坚持这样，那么我准备在整个华盛顿同你斗。”遇上了强硬对手的胡佛反而退步了，他甚至让联邦调查局负责同中央情报局联络的人为他和史密斯安排一次午餐。　　

　　中央情报局和联邦调查局虽然互相看对方不顺眼，但在工作中还是需要配合的。因此，双方都设有专人负责与对方联络。在很多时候，双方关系与这个联络人密切相关。胡佛曾指派他的亲信德克·德洛奇担任这项工作，这对双方的关系实在是大损害。德洛奇不喜欢中央情报局，他明知胡佛对中情局的权力很嫉妒，还对胡佛暗示说中情局打算把活动范围扩大到整个美国。这完全是火上浇油，胡佛愤怒得不得了，联邦调查局和中情局的隔阂也越来越大了。联邦调查局中有一些人看到了问题所在，可他们毫无办法。　　

　　萨利文在他的回忆录提到这样一件事——　　

　　有一次中央情报局要我去向该局的1500名左右雇员作演讲，德洛奇担任两方的联系人。在中央情报局三个人的陪同下，德洛奇亲自开车把我送到林肯纪念馆对面中央情报局经常开会的那座大楼。我们6点半到那里，但会场一个人影子都看不到。讲演原定7点举行，但6点三刻的时候还是没有人来。我很不安，但德洛奇却说不用担心，中央情报局组织松散，可能人人都迟到。到7点差5分的时候，大厅里还是只有我们几个人。这时德洛奇去打电话。他回来时边走边骂中央情报局，坚持说他们把地址告诉错了。等赶到预定的地点，那里坐的1500多人已经很不耐烦了。我们7点一刻到那里，中央情报局的几个人和我都连连道歉，但德洛奇毫无此意。他对站在门口焦急等待的中情局的代表说：“没法不迟到，实在没办法，我们在忙一个非常重要的间谍案。”　　

　　胡佛一直没有放弃在国外开展情报活动的想法，1965年，当约翰逊总统为多米尼加问题发愁的时候，他获得授权在那里开展活动。于是就有了本章开头的那一幕。后来他又说服尼克松总统，允许联邦调查局在海外多开设一些办事处，并保证“提供比中央情报局更好的情报”。这样做引起了另外一起纠纷，因为胡佛要求把一切情报直接寄给他，而不是先送给大使、中央情报局或国务院审核。有一次在以色列的特工送来了一些错误情报，并被胡佛直接送给尼克松和基辛格，惹来一堆麻烦，国务院的人吵翻了天，中情局非常不满。尼克松不得不指示胡佛，这些特工的情报寄回美国之前，必须先送大使和中央情报局审核。